Koeien zijn in staat om beperkte hoeveelheden mycotoxinen onschadelijk te maken in de pens. Voorwaarde is dan wel dat de koeien een gezonde penswerking hebben. Sommige mycotoxinen hebben echter een zeer negatieve invloed op de pensflora waardoor het vermogen om mycotoxinen onschadelijk te maken afneemt, maar vooral ook de vertering spaak loopt.

Doordat het rantsoen van melkvee bestaat uit een grote verscheidenheid aan voedermiddelen, zoals ruwvoeders en krachtvoeders, worden koeien blootgesteld aan een mix van mycotoxinen. Mycotoxinen zijn afkomstig van schimmels, waarvan de bekendste de fusariumschimmels zijn op maïs en granen. Zij groeien altijd op de levende plant en produceren onder meer de stoffen zearalenone (ZON) en deoxynivalenol (DON). In graskuil zijn het vooral de verschillende soorten Penicillium-schimmels die problemen veroorzaken. Toxines van deze schimmels hebben een antibiotische werking, die ingrijpen op het functioneren van de pensbacteriën. Hierdoor komt de hele penswerking onder druk te staan. Deze schimmels worden mee ingekuild en worden actief naarmate de kuil ouder wordt. De groei van de schimmel is een traag proces, maar Penicillium kan heel goed in kuilvoer en ook bij lage pH uitgroeien. Vooral omstandigheden in het voorjaar (met name condensvorming in de kuil) bevorderen de groei van de schimmel, waardoor de meeste problemen optreden vanaf februari of maart (Fink-Gremmels, 2011).

Voor een aantal mycotoxinen, zoals Ochratoxine A, T-2 Toxin, diacetoxyscirpenol en deoxynivalenol is de pens een ontgiftende barrière waaraan protozoa de grootste bijdrage leveren. Om deze reden wordt vaak gedacht dat rundvee beschermd is tegen de schadelijke effecten van mycotoxinen.
Echter, het is van belang om andere aspecten in aanmerking te nemen voordat de effecten van mycotoxinen bij rundvee kunnen worden genegeerd. Allereerst zijn de metabole bijproducten van sommige mycotoxinen, met name van aflatoxine en zearalenone net zo schadelijk of nog schadelijker dan het oorspronkelijke molecuul (Dänicke et al., 2005). Ten tweede moet altijd rekening gehouden worden met een ongunstige invloed van mycotoxinen op de pens activiteit en de microflora, zelfs nog voordat die een effect op het dier zelf hebben (Fink-Gremmels, 2008). Verminderde pensbewegingen, droge stof, ADF en zetmeel verteerbaarheid en microbiële groei zijn enkele van de effecten die gevondenworden bij dieren die gevoerd worden met door mycotoxinen verontreinigd voer.

Daarnaast zijn de hoge voeropname van melkvee samen met een slecht functionerende microflora, door hetzij onevenwichtige voeding of direct door mycotoxinen in het voer, de perfecte combinatie voor mycotoxinen om te ontsnappen aan microbiële afbraak in de pens en in de darm geabsorbeerd te worden in dezelfde mate als geldt voor éénmagigen. Na absorptie zullen mycotoxinen negatieve effecten uitoefenen op vele niveaus, variërend van verminderde prestaties (Guthrie and Bedell, 1979; Pier, 1981), vruchtbaarheidsproblemen (Guthrie and Bedell, 1979) tot hepatotoxische, carcinogene en immuunonderdrukkende effecten (CAST, 2003; Diekman and Green, 1992).